Бонки миллии Тоҷикистон аз Дастгоҳи марказӣ ва 5 Шуъбаи минтақавӣ иборат аст. Дастгоҳи марказии Бонки миллии Тоҷикистон аз Роҳбарият, Дастгоҳи роҳбарият, 8 Департамент, 10 Идора, 5 Шуъбаи мустақил, 2 Бахш, 1 Намояндагӣ, 1 Пажӯҳишгоҳ, Маҷаллаи “Бонкдорӣ, Тараққиёт, Ҷаҳонишавӣ” ва маркази таълимии Бонки миллии Тоҷикистон "Маҷмааи Хуталон" иборат мебошад. Шуъбаҳои минтақавии Бонки миллии Тоҷикистон дар шаҳрҳои Хуҷанд, Бохтар, Кӯлоб, Хоруғ ва дар шаҳраки Ғарм фаъолият менамоянд.